微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ相互作用位点的计算机预测

上海大学学报(自然科学版) ›› 2010, Vol. 16 ›› Issue (6): 635-638.

微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ相互作用位点的计算机预测

（上海大学理学院，上海 200444）

收稿日期:2009-05-04 出版日期:2010-12-21 发布日期:2010-12-21
通讯作者: 王翼飞(1948～)，男，教授，博士生导师,研究方向为计算分子生物学. Email:yifei_wang@staff.shu.edu.cn E-mail:yifei_wang@staff.shu.edu.cn
作者简介:王翼飞(1948～)，男，教授，博士生导师,研究方向为计算分子生物学. Email:yifei_wang@staff.shu.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（30871341）；上海市重点学科建设资助项目(S30104)；上海市教委重点学科建设资助项目（J50101）

Computer Prediction of HSPC300/hHBRK1 Protein and Myosin Ⅵ Protein Interaction Sites

(College of Sciences, Shanghai University, Shanghai 200444, China)

Received:2009-05-04 Online:2010-12-21 Published:2010-12-21

摘要/Abstract

摘要：

HSPC300/hHBRK1 蛋白作为BRK1 的人类同源蛋白，参与细胞运动和物质运输.肌球蛋白Ⅵ是肌球蛋白家族的成员.HSPC300/hHBRK1和肌球蛋白Ⅵ共同定位于细胞的胞浆，hHBRK1 可能通过与肌球蛋白Ⅵ相互作用，参与细胞内的物质运输.从结构角度出发，通过计算机模拟蛋白质间相互作用，预测二者作用区域，找出相关残基PHE43，LYS105，THR676和LEU40，即可能成为相互作用位点的重要残基，为进一步实验研究提供了重要信息.

关键词: HSPC300/hHBRK1；肌球蛋白Ⅵ；结构预测；分子间对接

Abstract:

HSPC300/hHBRK1 protein involved in cell movement and material transport is a kind of human homologous proteins. Myosin Ⅵ protein is a member of the myosin family. It is possible that HSPC300/hHBRK1 protein andmyosin Ⅵ protein react for the reason that they are present in the cytoplasm of cells and they are both involved inintracellular transport of the material. To lay a foundation for further experiments, we predict the area of interactionunder the structural point by computer simulation of proteinprotein interactions, and find the related residues that may become the sites of amino acid interaction: PHE43, LYS105, THR676 and LEU40.

Key words: HSPC300/hHBRK1; myosin Ⅵ; structure prediction; docking

中图分类号:

Q 81

王飞飞薛晓怡王翼飞. 微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ相互作用位点的计算机预测[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2010, 16(6): 635-638.

WANG Fei-Fei, XUE Xiao-Yi, WANG Yi-Fei. Computer Prediction of HSPC300/hHBRK1 Protein and Myosin Ⅵ Protein Interaction Sites[J]. Journal of Shanghai University（Natural Science Edition）, 2010, 16(6): 635-638.

[1]	张茜1,2, 金翊1,2,3, 宋凯1,2, 高桓1,2. 三值光学计算机MPI编程技术在超算集群中的使用[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2014, 20(2): 180-189.
[2]	秦世伟, 莫泷, 周艳坤. 静压桩沉桩及已打入桩遮拦效应的数值模拟[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2014, 20(2): 239-249.
[3]	徐秦乐1, 张金艺1,2,3, 徐惠政1, 李若涵2, 张晶晶2. 高精度故障电弧检测多传感器数据融合算法[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2014, 20(2): 165-173.
[4]	黄青华, 李琳, 赖士村. 基于 RBF 神经网络的头相关传输函数的个性化建模方法[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2014, 20(2): 157-164.
[5]	曹绍梅, 张大卫, 冯欣, 迟涛, 施利毅. 尖晶石结构Li₄Ti₅O₁₂的制备及其电化学性能[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 572-576.
[6]	张翔, 郝雷, 王卿文. 矩阵方程组中心对称解的极秩[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 596-600.
[7]	李东兵，李国平，滕国伟，赵海武，王国中,李萍. 一种新的自适应维纳滤波方法[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 555-560.
[8]	钱佳民，徐闰，汤敏燕. 小尺度薄型封装焊点失效机理和可靠性设计[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 561-566.
[9]	刘婧颖, 谢耀平, 陈业新, 黄晓君, 赵世金. H和B原子在有序态 Ni₃Fe 表面的吸附[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 567-571.
[10]	崔泽, 韩增军. 基于自运动的仿人七自由度机械臂逆解算法[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 589-605.
[11]	郭路军. p-余弦变换及其在凸几何分析中的应用[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 601-605.
[12]	江金胜, 董力耘. 信号灯交叉口处综合待行区的建模与模拟[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 606-611.
[13]	蔡茂源，张田忠. 多壁碳纳米管压缩与弯曲时屈曲的ANSYS模拟[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 612-616.
[14]	时伉丽, 丁虎, 陈立群, 储德林. 移动载荷黏弹性Pasternak地基梁动力学响应[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 617-621.
[15]	沈佳铖，任九生. 动脉壁的动力响应特性[J]. 上海大学学报(自然科学版), 2012, 18(6): 622-626.