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上海大学学报(自然科学版) ›› 2011, Vol. 17 ›› Issue (5): 624-630.doi: 10.3969/j.issn.1007-2861.2011.05.010

• 数理化科学 • 上一篇    下一篇

基于小波的肿瘤基因表达数据聚类分析模型

黄文佳，冯铁男，王翼飞   

  1. 上海大学 理学院，上海 200444
  • 收稿日期:2010-01-11 出版日期:2011-10-26 发布日期:2011-10-26
  • 通讯作者: 王翼飞(1948～)，男，教授，博士生导师,研究方向为计算分子生物学. E-mail:yifei_wang@staff.shu.edu.cn E-mail:yifei_wang@staff.shu.edu.cn
  • 基金资助:

    国家自然科学基金资助项目（30871341）;上海市重点学科建设资助项目（S30104）;上海市教委重点学科建设资助项目（J50101）

Wavelet Based Cluster Analysis Model of Tumor Gene Expression Data

HUANG Wen-jia,FENG Tie-nan,WANG Yi-fei   

  1. College of Sciences, Shanghai University, Shanghai 200444, China
  • Received:2010-01-11 Online:2011-10-26 Published:2011-10-26

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摘要： 运用小波的降噪性建立一种基于肿瘤基因表达谱的聚类分析模型，采用小波变换、信息抽取、双向聚类的方法对基因表达谱进行有效的分析.通过这种模型，可以降低基因表达谱的噪音以及样本错聚率.最后，将该方法应用于结肠癌基因表达谱的分析.

关键词: 基因表达数据, 聚类分析, 特异表达基因, 小波变换

Abstract: This paper introduces a model of clustering analysis of tumor gene data expression using wavelet for noise reduction. The model analyzes the gene expression data effectively using the methods of wavelet transfer, data mining and coupled two-way clustering. With this model, noise in the gene expression data can be reduced and accuracy of sample classification can be increased. The model is applied to the analysis of gene expression data of colon.

Key words: cluster analysis, gene expression data, specific expressed genes, wavelet transformation

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